1. Der Hintergrund Team Rockets

Nintendo hat ein Event geplant, in dem Celebi eine Rolle spielt. Es wird ebenfalls einen kleinen Storyabschnitt des Hintergrundes für Team Rocket aktivieren.
Sobald man Celebi sein Eigen nennen kann, soll man in den Steineichenwald gehen und dort den hiesigen Schrein "ansprechen". Darauf wird Kotone oder Hibiki, je nach dem welcher Charakter der Spieler selbst ist, erscheinen und mit dem Spieler sprechen. Celebi wird danach anfangen zu leuchten und es wird mit dem Spieler eine Zeitreise unternehmen.
Anmerkung: Es wird vermutet, dass es unbedingt das Event-Celebi sein muss, damit das Event aktiviert wird.

2. Die Vergangenheit - 3 Jahre zuvor

Der Spieler, sein Celebi und Kotone/Hibiki landen auf der Route 22. Nicht wissend, wie es mit ihnen weitergeht, hören sie eine Unterhaltung zwischen dem Rivalen, Silber, und seinem Vater.
Sein Vater schreibt ihm vor, sich nicht in seine Pläne mit Team Rocket einzumischen. Nach einer kleinen Diskussion trennen sich ihre Wege, sein Vater schlägt seinen Weg gen Westen nach Johto ein, Silber rennt nach Süden und stößt mit dem Spieler zusammen, daraufhin lässt er noch ein Kommentar ab und verschwindet. Celebi beginnt danach erneut zu leuchten und man reist noch einmal durch die Zeit.

3. Die Zukunft - 3 Jahre danach

Der nächste Ort, an dem man auftaucht, ist eine kleine Höhle in Kanto, in welcher sich nichts befindet, abgesehen von einem Mann mit einem Radio. Es ist der gleiche Mann, mit dem sich Silber auseinandergesetzt hatte. Aus dem Radio tönen die Stimmen von Apollo und den anderen Team-Rocket-Führern, die mit Giovanni sprechen. Giovanni scheint nicht daran teilzunehmen, dreht sich um und sieht den Spieler. Er will gegen den Spieler mit dem folgenden Team antreten:


Nachdem man ihn besiegt hat, wird Giovanni dem Spieler sagen, dass man ihn an jenes Kind erinnert, das vor 3 Jahren seine Pläne mit Team Rocket durchkreuzt hat, danach verschwindet er und Celebi reist wieder durch die Zeit. Dieses Mal ist das Ziel der Steineichenwald in der normalen Zeit, in der sich das Hauptspiel zu HeartGold und SoulSilver abspielt.